De inwoners van Heliopolis (Baalbek) bleven lang hun goden trouw, maar uiteindelijk werd Jupiter verdrongen door het nieuwe geloof, het christendom. Op het grote plein vóór de Jupiter-tempel werd met oud bouwmateriaal een kerk gebouwd. De oude rijkdom en roem was verloren; Baalbek was verschrompeld tot een dorpje waar de inwoners leefden van de opbrengsten van hun vruchtbare grond én van wat handel. De Baalbekkers boden dan ook geen tegenstand toen in september 635 hun stad werd veroverd door de moslims. De beschermingsbrief die toen opgesteld werd, is overgeleverd. We lezen dat er in Baalbek toen Perzische handelaren en christelijke Grieken en Arabieren woonden, dat er watermolens en kerken waren en dat iedereen zijn bezigheden kon voortzetten. Op de eerste, islamitische munten die toen in Baalbek werden geslagen kwam de naam Heliopolis in het Grieks en Baalbek in het Arabisch voor.

Alle Arabische geschiedschrijvers en reizigers die Baalbek (Ba'labakk) in de negende eeuw beschreven, roemden de enorme stenen gebouwen in de stad en verder de druiven, de vruchtbare aarde én de lage prijzen! Blijkbaar hield men nog de oude Romeinse stadsmuren aan, maar het inwonertal was zó klein geworden dat er binnen de muren ook veel landbouw was.

De stad had toen behalve een bazar uiteraard een vrijdagmoskee. Daar waar in de Romeinse tijd het centrale stadsplein (forum) lag, staat tot op de dag van vandaag een - onlangs gerestaureerde - moskee, die zoveel overeenkomsten met de grote Omayyaden-moskee van Damascus vertoont, dat het goed mogelijk is dat de Baalbek-moskee in dezelfde periode werd gebouwd, nl. begin achtste eeuw (hierboven). Natuurlijk is de Damascus-moskee veel groter en fraaier versierd, maar ja dat is logisch want tenslotte was het de hoofdstad-moskee van de Omayyaden (Omajjaden)!
Beide moskeeën zijn van spolia (hergebruikt ouder bouwmateriaal) gebouwd, beide bestaan uit beuken evenwijdig aan de qibla-muur (dat is de muur georiënteerd op Mekka met één of meer gebedsnissen). Maar het kan ook zijn dat de eerste moskee in de vele oorlogen werd verwoest en vanaf de twaalfde eeuw opnieuw werd opgebouwd, gerestaureerd en uitgebreid. De plattegrond en het bouwmateriaal bleef dan wel steeds hetzelfde.

De geschiedenis van Ba'labakk of Baalbek in de middeleeuwen weerspiegelt de roerige tijden van toen. Menig heerser maakte zich met meer of minder succes meester van Baalbek en de vruchtbare Bekaa-vallei. De locale vorst van Aleppo, de Fatimiden van Egypte, de Seldsjoeken (Seljuken), de Franken of kruisvaarders .... ze kwamen allemaal langs en de een bleef langer dan de ander.

De Turkse atabeg Zangi wist in 1139 Baalbek te veroveren. Als gouverneur werd aangesteld de koerd Ayyub, die een zoontje had: Yusuf ibn Ayyub Salah ad-Din (1138-1193), die wij veel beter kennen onder de naam Saladin!
Het waren onzekere tijden, met veel verschillende coalities die elkaar bevochten. Vandaar dat in deze periode de grootscheepse ombouw van Baalbek's citadel plaatsvond. De Romeinse tempels werden onttakeld en veranderd in een vesting, de Byzantijnse kerk werd onderdeel van een paleis, schietgaten en weergangen werden aangebracht. Maar de middeleeuwse schrijvers bleven hun bewondering uiten voor de enorme bouwstenen en de vruchtbaarheid van het gebied. Een elfde-eeuwse Syrische edelman schreef in zijn memoires dat hij eens naar Baalbek ging om de kerk aldaar te bezichtigen.

Later benoemde Saladin zijn jongere broer tot gouverneur van diens geboortestad Baalbek. De ombouwactiviteiten gingen onverminderd door tot ver in de dertiende eeuw. De gevreesde Mongolen kwamen ook nog even langs, juist in het jaar 1260 dat ze definitief werden verslagen door de Mamlukken, de nieuwe heersers van Egypte. Wellicht dat de vondsten van grote hoeveelheden pijlpunten nog een herinnering zijn aan hun kortstondige 'bezoek' aan Baalbek. Vanaf dat jaar was de stad deel van het grote Mamlukse rijk dat vanuit Cairo werd bestuurd. De vestingwerken van Baalbek bleven gehandhaafd en werden uitgebreid. Architecten uit Baalbek waren blijkbaar goed, want ook elders waren zij verantwoordelijk voor vorstelijke stichtingen, zoals in de havenstad Tripoli.

Het inwonertal van Baalbek groeide. Ooggetuigen vertellen over de rijke bazars van de stad, de ziekenhuizen, de dervish-kloosters, de moskeeën, de scholen, de rijke boomgaarden en de nog altijd indrukwekkende citadel, waarin ook een moskee werd gebouwd (hierboven). Archeologen vonden fragmenten van fraaie marmeren friezen, prachtig gebeeldhouwd met arabesken (rechts).

De katoenen stoffen, de kazen, melk, kersen, vijgen en appels van Baalbek vonden aftrek in de grote steden van Egypte en Syrië. Aan de andere kant gebruikten de inwoners van Baalbek geglazuurd aardewerk en glazen flessen die in Damascus of Aleppo waren gemaakt. Bewaard gebleven inscripties geven ook duidelijk aan dat de sultan in Cairo de zaak in de hand had: illegale belastingen werden opgeheven en katoenverkopers kregen voorrechten. 

Een van de belangrijkste ooggetuigen die in Baalbek is geweest én erover heeft geschreven is Ibn Battuta (Ibn Battoeta). In 1325 had hij Marokko verlaten om op bedevaart naar Mekka te gaan. Het werd een hele lange pelgrimstocht, want in 1353 kwam hij pas terug in Fez. Hij had toen de hele islamitische wereld van zijn tijd bereisd en vertelde zulke prachtige verhalen bij thuiskomst dat menig toehoorder lang niet alles geloofde. Baalbek - zo vertelde Ibn Battuta - is omringd door prachtige boomgaarden en de kersen zijn onovertroffen. Van druiven, pistache-noten en amandelen maken ze in Baalbek iets lekkers. Pulp van druiven wordt in een eenvoudige aardewerk pot gedaan, door toevoeging van "een" poeder wordt het  hard. Ze breken de pot om die zoete weelde eruit te halen, mengen dat met de noten en het resultaat is heerlijk snoepgoed; naar de vorm wordt het paardepiemel genoemd!
Verder zijn er meester-houtbewerkers in Baalbek. Ze maken houten schalen die zó perfect in elkaar passen dat het één kom lijkt, maar het zijn er tien! Zo maken ze ook iets wat op het oog één lepel lijkt, maar bij etenstijd blijkt dat die ene lepel uit tien, precies in elkaar passende lepels bestaat! Dit soort beschrijvingen zijn belangrijk om middeleeuws Baalbek enigszins te reconstrueren, want van dat heerlijke snoepgoed of houten vaatwerk is natuurlijk niets teruggevonden!

Hoewel ..... de zoete koekjes van Libanon zijn nog steeds zalig ......

Toen in 1516 Baalbek werd ingenomen en deel werd van het grote Ottomaanse rijk, begon de neergang van de stad. De stad was niet van militair of bestuurlijk belang en de stad werd een dorp, waar de bevolking in de citadel woonde. Af en toe was er bedrijvigheid, zoals die keer in midden zestiende eeuw. De hofarchitect Sinan moest een grootse moskee voor sultan Süleyman de Grote bouwen in Constantinopel (Istanbul). Daarvoor had hij enorme zuilen nodig. Deze liet hij o.a. uit Egypte én uit Baalbek (rechts) komen. Twee granieten zuilen van de oude tempelhof werden in juli 1552 met enorm veel moeite en kosten naar de havenstad Tripoli versleept. Daar werden ze per schip naar de hoofdstad Istanbul verscheept, alwaar ze getrokken door vier ossenspannen en rollend over tientallen houten rollers in februari 1554 aankwamen op de bouwplaats van de Süleymaniye-moskee. Daar werden ze hergebruikt in de porticus van de open hof (rechts).

Het was ook in deze periode dat de eerste westerlingen Baalbek bezochten. Ze keken hun ogen uit en spraken in superlatieven over de antieke resten. Robert Wood en James Dawkins verbleven in 1751 twee weken in Baalbek. Zij, die in het Nabije Oosten ruïnes - o.a. Palmyra - bezochten, bestudeerden en tekenden, schreven dat "als we de resten in Baalbek vergelijken met al die andere ruïnes dan zijn we van mening dat in Baalbek de resten zijn te zien van het stoutmoedigste bouwcomplex dat ooit werd uitgewerkt". Hun in 1757 gepubliceerde The ruins of Balbec was dan ook belangrijk als inspiratiebron voor kunstenaars en architecten in Europa.

In de achttiende eeuw was Baalbek een schim van het verleden; er woonden slechts 1200 mensen, allen arm en zonder werk. Een eeuw later kwamen archeologen langs, toeristen keken, krasten hun graffiti in de Romeinse muren, namen tempeldelen mee naar huis ... nog veel strijd werd (en wordt) geleverd in en rond Baalbek .... maar die goede, oude Romeinse tempels ... zij hebben deels al die strijd doorstaan tot op de dag van vandaag.